Na samom začiatku bolo krátko po promócii pozvanie do rodiny prof. Tomáša G. Masaryka, ktorej pohostinný dom navštevoval už rad mladíkov z Čiech, Moravy a Slovenska. Masarykov záujem o mladého lekára, básnikovho syna, vzbudil Josef Svatopluk Machar. V posmrtne vydanej knihe "Vzpomínám na TGM" popisuje Ivan Hálek, ako s kolegami Šantrůčkom a Kraiczom na ceste domov a ešte pri čaji s ním diskutovali o Hilsnerovi, o rituálnej povere a o židovskej otázke. Od svojho kamarárata Jana Kraicza už Hálek vedel, že Masaryk vydáva brožúru, v ktorej sa ujíma Hilsnera proti obvineniu z vraždy. Spočiatku to v ňom vyvolalo zmätok a pochybnosti, ale nie nadlho.

"Jestliže jsme hned nechápali v celém rozsahu smysl Masarykova činu - kampaň, která se proti němu rozvířila, otevřela nám oči dokonale a shromáždila nás zakrátko okolo našeho milovaného učitele..." spomína po desaťročiach. "Nebyl to jen čin humanity, ani rozhorlení nad justiční nespravedlností, ale byl to především výkřik do řad vlastního národa, výkřik, který měl ochladit hlavy, rozpálené rasistickou vášní a zaslepené rituální pověrou, které příslušníky českého lidu degradovaly na nepříčetnou lůzu."

Traja mladí lekári pomohli Masarykovi ujasňovať si medicínsku stránku procesu. Hneď po jeho brožúrke si Ivan Hálek preštudoval spisok "Hilsnerův proces" vydaný podľa stenografického zápisu a aj sám zostal udivený nad povrchnosťou pitevného protokolu polenských lekárov, ktorý bol jedným z hlavných bodov obžaloby. Rozhodol sa, že ako lekár vstúpi do diskusie a napísal ostro polemický článok s titulkom "Na adresu polenských lékařů", ktorý mu vyšiel v Čase l6. januára l9OO. V texte, zaberajúcom takmer štyri novinové stĺpce, sa sústredil na popis rany na krku mŕtvoly Anežky Hrůzovej, ktorá bola označovaná antisemitmi na základe "odborného" posudku miestnych lekárov za "košerácky rez". Bod za bodom rozoberal nezmyselné tvrdenia z pitevného protokolu a ukázal chyby doktorov, pre aké by aj medik prepadol na rigoróznej skúške. Článkom, ktorý podpísal, verejne spochybnil kompetentnosť súdnych znalcov a vydal svedectvo, že ich nález z odborného hľadiska neobstojí. Pomohol tým zbúrať jeden z pilierov, ktorý podopieral teóriu rituálnej vraždy. To, k čomu sa odhodlal mladý lekár Hálek, nedokázali alebo nechceli urobiť ani slávne kapacity lekárskej vedy. Bez ohľadu na to, ako vážne ho to mohlo spoločensky poškodiť, postavil sa na stranu pravdy, ktorú hájil zo všetkých strán napádaný Masaryk. K problematike sa neskoršie vyjadrovali niektorí českí aj zahraniční znalci, nie však spontánnym verejným vystúpením, ale na základe úradnej žiadosti, formou odborného posudku.

Článok, ktorým sa v nepriaznivom spoločenskom ovzduší tak statočne exponoval za pravdu, spôsobil Ivanovi Hálkovi nepríjemnosti v rodine, konflikt s jeho bývalým tútorom, ktorým bol švagor jeho matky, Dorotky Hálkovej. Svedectvo o tom vydáva nikdy nepublikovaná, zaujímavá biografia, napísaná Hálkovou ženou Luisou podľa matkinho rozprávania (kompletný rukopis je uložený v pozostalosti, o ktorú sa stará Památník národního písemnictví).

"Aféra Hilsnerova, která v roce l899 rozbouřila klidnou životní hladinu českých občanů, měla pro Ivana Hálka následky; přispěla k ujasnění i vyřešení nejistoty o jeho budoucnosti. V rodině Černých právě tak jako ve většině vlasteneckých českých rodin vyvolal Masarykův postoj v Hilsnerově procesu hněv a opovržení. Odvracely se s odporem od profesora Masaryka, vyvrhele národa, který prý byl židovskými penězi koupen, aby vyvrátil legendu o rituální vraždě. Dr. Černému byl doručen se zvláštním upozorněním článek dr. Hálka Na adresu polenských lékařů, uveřejněný v Herbenově Čase a jím neohroženě podepsaný... Tehdy přešla strýci trpělivost s bývalým svěřencem, který bez ohledu na matku, rodinu a sebe se hnal za efemerním ideálem. Dr. Černý si Ivana zavolal a vytýkal mu nesprávný postoj v aféře Hilsnerově."

Pri tomto raporte sa Ivan Hálek dozvedel, čo s matkou netušili, že z dedičstva po babke, ktoré spravoval dr. Černý, zostalo veľmi málo a nebyť jeho peňažnej výpomoci, nemohli by udržať slušnú životnú úroveň. A strýčkov záver: "...už by bylo načase, aby se Ivan začal svou prací o matku starat a nepřitěžoval jí v jejím těžkém, starostiplném životě."

Vtedy si musel Ivan Hálek uvedomiť, že sa od švagra svojej matky už žiadnej spoločenskej ani hmotnej podpory nedočká a namiesto ďalšieho vyčkávania, či ho na niektorej klinike prijmú za asistenta, začal hľadať uplatnenie ďaleko od Prahy. Neúspešne sa uchádzal o miesto závodného lekára vo Vítkoviciach. Jeho srdce ho však už dávno ťahalo na Slovensko, ktorého utláčaný a zbedačený ľud poznal z rozprávania svojich slovenských priateľov. A tak sa stalo, že na prahu dvadsiateho storočia sa presťahoval na Kysuce, ktoré boli jedným z najzapadnutejších kútov uhorskej časti monarchie. Odtiaľ potom posielal do pražských novín - do Času - svoje "Zápisky slovenského lekára".